O Módulo de WhatsApp tem a opção de tratamento de números de telefone, mas isso é opcional e com configuração de CRON de forma separada.
Se você quer que o módulo faça o tratamento dos números, removendo os caracteres e adicionando o 55 no inicio dos números, você deve registrar uma CRON customizada.
wget -q -O- https://SEU_PERFEX/whatschat/zapnumbers/fix